شهر میبد همانند شهرهای قدیم از سه بخش: کهن دژ، شارستان و ربض تشکیل شده بود. نارین قلعه کهن دژ شهر بود که به آن نارنج قلعه هم می گویند. نارین قلعه، ارگ یا حاکم نشین شهر و گاه مکان حاکمیت سیاسی منطقه وسیعی بوده است. این ارگ خشتی، کهن ترین بنای یزد می باشد و بستر آن به صورت بیضی نامنظمی و در پنج طبقه محصور قد برافراشته است. دورتادور ارگ خندقی برای تقویت ساختار دفاعی حفر شده بود.

براساس پژوهش ها و کاوش های باستان شناسی، قدیمی ترین آثار و شواهدی به دست آمده از این قلعه مربوط به هزاره چهارم تا سوم  پیش از میلاد است. همچنین لایه ای گوناگونی پیش از اسلام به ویژه دوره ساسانی و پس از اسلام در دوره آل مظفر در میان توده عظیم خشتی قلعه به چشم می خورد. بارزترین بخش های قلعه که در واقع آخرین الحاقات این بنا می باشد، متعلق به قرن 8 هجری قمری همزمان با حکومت آل مظفر است.