مسجد جامع میبد بر اساس منابع تاریخی و مستندات معماری و باستان شناسی از جمله مساجد کهن معماری اسلامی ایران محسوب می شود. بنیان مسجد، مربوط به حدود سده دوم هجری است که شواهد و مدارک حکایت از طرح مسجدی شبستانی با صحن و فضای سر پوشیده دارد. در حدود قرن ششم با وارد شدن عناصر معماری ایرانی، طرح شبستانی به مسجدی گنبدی و ایوان دار با مناره ای قطور و بلند تغییر یافت. در حدود سده نهم هجری تعمیرات و تغییراتی در بخش های مختلف پس از آسیب های وارده به مسجد صورت گرفت و محراب فعلی جایگزین محراب قدیمی شد. بر بالای محراب گنبد خانه کتیبه ای چهار ضلعی با کاشی معرق به رنگ سفید و آبی قرار دارد. بر روی این کتیبه نام پیامبر و دوازده امام بر روی آن نوشته شده و دارای تاریخ 867 هجری قمری می باشد. آخرین تغییرات اساسی مسجد مربوط به دوره قاجار می باشد.