برخی از مساجد ایران بر روی آتشکده های دوران ساسانی بنا شدند که از جمله آنها مسجد جامع یزد است. قدمت این مسجد به دوران صفاریان و حکومت عمر بن لیث برمی گردد. ساخت مسجد جامع حدود 100 سال به طول انجامید و در طول تاریخ دست خوش تغییراتی شد.

یکی از ویژگی های منحصر به فرد این مسجد مناره های آن است که در عصر صفوی ساخته شده است. ارتفاع این مناره ها 52 متر و قطر آنها به 8 متر می رسد که هرچه بالاتر میرود باریک تر می شود. یکی از مناره ها دو پلکان جدا دارد به صورتی که اگر یکی به سمت بالا حرکت کند و دیگری به سمت پایین، همدیگر را نخواهند دید.

در بازسازی های زمان قاجار چهره کنونی مسجد شکل گرفت.

در حیاط این مسجد برای دسترسی به آب، پایابی به قنات زارچ طولانی ترین قنات جهان احداث شده است.

یکی از نکته جالب در باره مسجد جامع یزد این است که در سال 61 عکس مسجد روی اسکناس های 200 ریالی چاپ شد.