بنای موسوم به بقعه سید شمس الدین (مدرسه شمسیه) از آثار به جا مانده از دوره ایلخانی می باشد که به دستور سید شمس الدین جهت تحصیل علوم دینی در سال 733 هجری قمری در محله چهار منار یزد ساخته شد. این بنا مجموعه ای با شکوه از دو مدرسه مقابل یکدیگر با چهار منار در اطراف آنها، آب انبار، بقعه، حمام و بازاری که آب تفت از میان آن جاری بود و خانقاه بوده است.

سید شمس الدین فرزند سید رکن الدین (که بقعه وی در نزدیکی مسجد جامع یزد قرار دارد) بود. وی چهارده سال نداشت که حاکم یزد، پدرش را به دلیل واهی قتل مرد مسیحی بازداشت کرد و مورد شکنجه قرار داد. شمس الدین به دلیل آشنایی با رشید الدین فضل الله وزیر سلطان ابوسعید، حکم آزادی و همچنین منسب قضاوت پدرش در یزد را گرفت. او داماد رشید الدین فضل الله یکی از افراد بسیار متنفذ و ثروتمند عصر ایلخانی شد و خدمات عام المنفعه زیادی را انجام داد.

شمس الدین به سال 743 ه.ق در تبریز درگذشت و پیکر این عارف را به یزد منتقل کردند و در مدرسه ای که ساخته بود به خاک سپردند.

از ویژگی های اصلی این بقعه تزئینات گچبری و نقاشی های چشم نواز و کتیبه های نقش برجسته آن است که تا به امروز باقی مانده است.