تحقیقات زیادی در رابطه با هویت این بنا انجام نشده یا حداقل به نتیجه ای نرسیده است. هویت واقعی زندان اسکندر همواره در هاله ای از ابهام بوده است و در این باره داستان هایی افسانه وار، سینه به سینه نقل شده است. در تاریخ یزد به مکانی به نام زندان اسکندر در محله شهرستان (فهادان فعلی) اشاره گردیده و قصه آن به زمان حمله اسکندر به ایران نسبت داده شده است. در این قصه اسکندر دستور داده بود قلعه ای در منطقه ای کویری بسازند. در آن جا نهری ایجاد و منطقه را آباد کنند تا محلی برای تبعید و دور نگه داشتن دشمنانش باشد. لذا از قدیم یزد را به نام زندان اسکندر و بند خانه اکابر عجم شهرت داده اند.

اما زندان اسکندر توسط هیچ کدام از مؤلفان تاریخی یزد در کنار مدرسه ضیائیه معرفی نشده است. همچنین با مقایسه مشخصات مدرسه ضیائیه شهرستان که در متون قدیمی ذکر شده است و بنای کنونی زندان اسکندر می توان این گونه نتیجه گیری کرد که این دو بنا یکی نیستند و مدرسه ضیائیه شهرستان در جایی دیگر قرار دارد، شاید هم در طی قرون گذشته مناره و کاشی کاری های بنا از بین رفته یا به طور کل مدرسه ضیائیه شهرستان تخریب شده است.

در هر صورت این بنا تاریخی جزء آثار ارزشمند سده هشتم یزد است. معماری این بنا به شیوه آذری، ساده و زیبا است.

مهمترین بخش مجموعه گنبد خانه و گنبدی به بلندای 18 متر است که شهر  چشم انداز منحصر به فردی را به وجود آورده است.