بقعه سید رکن الدین با طراحی و معماری شگفت انگیز در نزدیکی مسجد جامع یزد قرار گرفته است. این بقعه آرامگاه سید رکن الدین دانشمند و عارف قرن هشتم و بانی موقوفات پر شمار یزد می‌باشد. این بنا در اصل مدرسه‌ای بود که توسط سید رکن الدین ساخته شده بود. بنا بر رسم آن زمان پیکر سازنده بنا را در همان مکان به خاک می‌سپردند، به همین علت پس از مرگ وی این مدرسه به بقعه سید رکن الدین تغییر نام داد.
رکن الدین فرزند قوام الدین از ریاضیدانان ایران بود. وی از جوانی با همت خود و ثروتی که از پدر به ارث برده بود خدمات عام المنفعه زیادی انجام داد. مدرسه رکنیه، مناره‌های وقت و ساعت، رصدخانه، کتابخانه، مسجد، دواخانه، قنات و غیره از جمله بناهایی است که سید رکن الدین احداث نمود. موقوفات وی چنان زیاد بوده که کتابی به نام “جامع الخیرات” به شرح وقفنامه‌های وی پرداخته بود. این کتاب از اسناد تاریخی شهر یزد به شمار می‌آید.
اقدامات سید رکن الدین به مذاق حاکم وقت یزد خوش نیامد. همین امر سبب گردید تا حاکم بخاطر کنیه‌ای که از سید رکن الدین داشت، وی را متهم به قتل مرد مسیحی آسباب‌دار کرد و پس از دستگیری و شکنجه او را به زندان انداخت.
شمس الدین پسر سید به سمت تبریز گریخت و دادخواهی خود را به ابوسعید فرمانروای ایلخانان رساند و حکم آزادی پدرش را از وی دریافت کرد. سید رکن الدین پس از آزادی با احترام فراوان از سوی مردم یزد وارد این شهر می‌شود و بار دیگر بر مسند قضا می‌نشیند.
سید رکن الدین پس از مرگ در مدرسه‌ای که ساخته بود به خاک سپرده شد. امروزه از آن مدرسه تنها گنبد و فضای زیرین آن که مشهور به بقعه سید رکن الدین است پا برجاست.
این اثر در فهرست آثار ملی ایران قرار گرفته است.
