پیشوای مذهبی از فرد نیکوکاری به نام مارکار سرکیسیان خواست تا هزینه بنای این ساختمان را به یاد همسرش بپردازد. در این اثنا مارکار از دنیا رفت و از فرزندش گورگن تقاضا شد که به یاد پدر در جوار ساختمان خلیفه گری کلیسایی بنا کند. در سال 1349 ساخت کلیسا به پایان رسید

معماری کلیسا به مانند معماری سنتی دیگر کلیساهای ارامنه است و ناقوس های این کلیسا با نیروی برق به صدا در می آید. این کلیسا، بزرگترین کلیسای ارامنه تهران و به احتمال زیاد ایران است. بر دیواره های بالای محراب تابلوی نقاشی رنگ آمیزی اثر آودیک آیوازیان مشاهده می شود، که تقلیدی از اثر میکل آنژ در کلیسای واتیکان است. این نقاشی لحظه معراج حضرت مسیح را به آسمان نشان می دهد.

پوشش دورنی و بیرونی و کف کلیسا از مرمر سفید است. در محوطه کلیسای سرکیس مقدس تندیس یادمان قتل ارامنه در سال 1333 بنا شده است و تنها مقبره در این کلیسا مزار عالیجناب اسقف اعظم مانوکیان است که به مدت 40 سال مسئولیت خلیفه گری ارامنه تهران را به عهده داشته است.