مسجد جامع که کهن سال‌ترین بنای تاریخی کاشان است در محله میدان کهنه از محلات قدیمی کاشان قرار دارد. این بنا دادرای گنبد آجری با مقصوره و ایوان مرتفع زیر گنبد و صحن وسیع، دو شبستان بزرگ و یک شبستان تحتانی در ضلع شمالی و حوضخانه در وسط می‌باشد.
مناره آجری که در زاویه جنوب شرقی مسجد واقع گشته یگانه بنای تاریخدار، از جمله ابنیه مفصل کاشان در عهد سلجوقی می‌باشد که تا کنون باقی و برجای مانده است. در قسمت پایین مناره کتیبه سه سطری به خط کوفی با آجری برجسته ساخته شده است. این مناره بعد از مناره‌های مسجد میدان ساوه به تاریخ 453 و مسجد زواره به تاریخ 461 سومین مناره تاریخدار قدیمی شمرده می‌شود.
در باب بنای اولیه مسجد جامع کاشان گفته شده است که پیش از اسلام در این محل آتشکده بود و پس از ورود اسلام به مسجد تبدیل شده است.
این مسجد در طی قرون متوالی چندین بار دچار خرابی‌های کلی و جزئی شده است که مهمترین خرابی مربوط به زلزله سال 1192 هجری قمری بوده است. از این جهت هنگام مرمت و تجدید بنا تغییرات زیادی در ابنیه و تزیینات رخ داده است.
بنابر گفته‌ها سلطان علی بن امام محمد باقر در سنه 110 هجری به امر پدر بزگوارشان مدتی را که در کاشان به سر می بردند، در این مسجد اقامه نماز داشته‌اند.
