مسجد جامع نایین از کهن‌ترین مساجد ایران به شمار می‌رود که زمان اولیه ساخت آن را به قرن دوم هجری نسبت می‌دهند. این مسجد در ردیف مهمترین بناهای تاریخی مساجد کشور قرار دارد که این امر به دلیل داشتن ویژگی‌های خاص و معماری موجود در آن می‌باشد.
بر اساس متون تاریخی از جمله مرآت البلدان این بنا به دستور عمر ابن عبدالعزیز اموی هشتمین خلیفه اموی ساخته شده است، اما عده‌ای از باستان شناسان ساخت آن را مربوط به سده چهارم هجری دانسته‌اند. بنابراین به احتمال زیاد ساخت و تکمیل این مسجد متعلق به قرون دوم تا چهارم هجری و بخش اعظم آن مربوط به دوره حکومت شیعی آل‌بویه می‌باشد. گچ‌بری‌های بسیار زیبای قسمت محراب شامل نقوش گیاهی و هندسی بسیار زیبا و خطوط کوفی مشجری در قسمت محراب و بالاى محراب و سه ستون روبروی آن متعلق به دوره آل بویه است.
پس از زلزله نایین در دوره سلجوقی مسجد علاوه بر مرمت، گسترش پیدا می‌کند و مناره مسجد با ارتفاع ۲۸ متر مجدد ساخته می‌شود.
مسجد جامع نایین فاقد گنبد است و گنبدی که مجاور مسجد قرار دارد، گنبد مقبره‌های بزرگان و عرفای سلجوقی می‌باشد.
در دوره ایلخانی نیم طبقه و کاشی ها به مسجد اضافه می‌گردد. همچنین منبر بسيار زيبا و نفیس با کتیبه‌ای به سال ۷۱۱ هجری که در آن از تکنیک منبت کاری و گره چینی کام و زبانه استفاده شده و تمامی قسمت‌های آن با نقوش گیاهی و هندسی تزیین گردیده است، متعلق به این دوره می‌باشد.
از شاخصه‌ها و زیبایی‌های معماری مسجد می‌توان به شبستان زیرزمینی بنا یا سرداب با معماری کند و حفاری شده آن اشاره داشت. از ویژگی‌های دیگر سرداب، استفاده از سنگ‌های شفاف مرمر (آلاباستر) در کف حیاط مسجد جهت انتقال نور طبیعی به داخل زیرزمین و همچنین گرم بودن آن در فصول سرد سال و خنک بودن آن در فصول گرم سال است.
این بنای تاریخی به تاریخ ۱۳۱۰/۱۰/۱۵ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
